import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
# Открываем картинку
image = plt.imread(r"D:\DISTR\Загрузки\8c65eeydi.png")
# Все прозрачные пиксели красим в синий
image[image[:, :, 3] == 0] = [0, 0, 1, 1]
# Рисуем красный квадрат
# [Строки, столбцы]
image[50:300, 1000:1250] = [1, 0, 0, 1]
# Отображаем картинку
plt.imshow(image)
# Сохраняем картинку
plt.imsave("img.png", image)