Вы используете устаревший браузер. Этот и другие сайты могут отображаться в нем неправильно. Необходимо обновить браузер или попробовать использовать другой.
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np
x = np.random.rand(40)
y = np.random.rand(40)
z = np.random.rand(40)
colors = np.random.rand(40)
plt.scatter(x, y, s=z * 1000, c=colors)
plt.show()