можно попробовать реализовать через win api...
вам нужно получить хендлер окна, сделать это окно активным и выполнять свою функцию, и периодически проверять, активен ли нужный хендлер окна, если нет, то завершаем функцию...
или
у каждого окна есть свой поток ввода/вывода, можно обращаться напрямую к этим потокам окна, в таком случае необязательно активность окна, то есть если даже окно свернуто, вы будете подавать в его поток ввода нужные действия...
если речь про игру (скорее всего, где еще может понадобиться контрол), то в полноэкранном режиме не пробовал...
